办公室。负责机关日常运转，重要事项督查督办，有关综合性文件的起草，承担机关文秘、会务、值班、机要、档案、保密、政务公开、信息、机关保卫、目标管理、建议提案办理等工作；组织开展交通运输行业发展战略和产业政策研究，收集行业发展相关信息、动态，负责行业发展调查研究，并提出对策和建议；负责统筹全区交通综合经济运行汇总分析；负责机关接待、后勤服务等工作；承担机关国有资产采购管理工作，指导所属单位加强国有资产管理；统筹交通扶贫和机关帮乡扶贫工作。

    党委办公室（挂组织人事科牌子）。负责组织实施局党委的工作部署；负责党风廉政建设工作；负责机关和所属单位党组织建设、班子建设、党员教育管理等工作；负责机关离退休人员管理等工作；承担机关和所属单位意识形态、干部理论学习、职工思想教育、统战、工青妇社团等工作；承担机关对外宣传和新闻工作；承担交通运输行业舆情监测、分析和协调处置相关工作；承担机关和所属单位干部人事、劳动工资、机构编制等工作；组织指导交通运输行业宣传工作和精神文明建设；指导交通运输行业人才队伍建设和培训教育工作。

    法规科。贯彻执行交通运输行业法律、法规、规章制度；指导监督交通运输综合行政执法和队伍建设；承办相关行政复议和行政应诉工作；承担有关规范性文件合法性审查工作；负责社会治安综合治理工作；负责指导行业体制改革；拟订并组织实施内部审计有关制度，承担机关和所属单位落实重大决策、规划计划、财务收支、内部控制及风险管理等的审计工作；按权限组织实施有关领导干部经济责任审计工作；负责有关重点交通建设项目、专项资金等审计监督；负责督促落实审计发现问题的整改。

    综合规划科（挂交通战备办公室牌子）。组织拟订和综合平衡交通运输行业发展规划、交通运输体系规划和专项规划、年度计划，提出有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；拟订全区国防交通保障计划、方案和应急措施并组织实施；按规定拟订和实施国防交通物资储备计划，调动国防交通物资；指导、监督和协调全区国防交通；拟订岸线使用规划；负责开展区域间的交通运输领域有关合作与交流；承担相关交通项目建设的前期工作和后期评估工作；承担行业统计分析；贯彻执行交通运输行业科技创新和信息化建设相关政策、制度和标准并监督实施；组织协调行业有关重大科技项目研究、技术引进与开发、科技成果鉴定、转化和推广应用工作；承担行业信息化、技术标准等工作。

    公路管理科。贯彻执行公路、枢纽站场等交通基础设施建设和公路路政、养护、运营的相关政策、制度和标准并监督实施；按权限承担区级重点公路工程设计审核、施工许可和竣工验收等工作；承担公路建设市场和公路养护市场监管工作，按规定对公路建设工程造价、公路养护工程造价、质量安全进行监督管理；指导行业生态环境保护和节能减排工作。

    行政审批科。负责机关行政审批制度改革，指导和规划本系统行政审批工作；按照“三集中、三到位”的要求，相对集中机关有关行政审批事项的受理和审批，组织协调相关事项的论证、审查等工作；组织推进机关行政审批服务便民化、标准化和相关电子政务工作；具体管理机关政务服务窗口；统筹协调交通运输行业信用体系建设。

    综合运输管理科（挂运输协调办公室牌子）。贯彻执行道路和城市公共交通运输的相关政策、制度和标准并监督实施；负责综合交通运输协调与衔接，组织编制和监督实施运输发展规划、运力和线网布局规划；负责有关道路运输经营资质、从业人员资质管理；承担道路、客运市场管理有关工作；承担汽车维修行业管理有关工作、指导运输站场管理；组织和监督实施紧急客货运输和春运工作。

    港航管理科。贯彻执行水路工程建设、维护相关政策、制度和标准并监督实施；承担水路运政、水路工程建设市场监管工作，按规定对水路工程造价、质量安全进行监督管理；指导港口、航道等水路设施的维护及养护工作；按权限承担港口和航道管理、水上交通安全监管、地方海事行政管理工作；贯彻执行渔业船舶检验政策、制度及标准并监督实施，负责渔业船舶检验监督管理和行业指导等工作。承担港口岸线使用审核有关工作。负责水路运输经营资质、从业人员资质管理。

    铁路民航科。贯彻实施铁路、民航建设发展的相关政策，编制全区铁路线网和枢纽、民航机场和航空枢纽专项规划，会同有关方面研究提出全区铁路、军民航机场投融资方案和财政性资金安排意见；负责铁路建设发展统计分析；协调推进全区铁路、军民航机场项目建设，协调管理铁路、民航运输工作；协调培育国内航空市场和航线；协调邮政发展相关工作；配合开展铁路领域对外合作交流工作；配合承担地方铁路建设市场的监管工作；配合做好地方铁路的设计管理和监督实施。

    安全信访科。贯彻执行交通运输行业安全生产监督管理相关政策、制度和标准并监督实施；负责行业安全事故统计分析，依法组织或参与有关事故调查处理；负责机关来信来访接待和处理、群工信息系统管理工作，指导所属单位信访稳定工作；承担所属单位安全生产的监督管理工作；组织、协调和指导行业安全生产工作；组织推动行业应急救援体系建设，组织、协调和指导相关突发事件的应急处置工作。

    财务科。组织拟订并监督执行交通运输行业有关资金和财务管理制度；负责编制并组织实施部门预决算；负责机关和所属单位国有资产账务财务管理；指导所属单位做好财务管理和会计核算工作；指导行业投融资工作。